凌晨5-6点钟总是咳嗽不停可能是由于环境因素、饮食不当等非病理性原因引起的。但也有可能是上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等原因导致的。
一、生理性原因
1.环境因素：如果患者在睡觉时室内空气比较干燥或者受到冷热刺激，就会对咽喉黏膜造成一定的影响，从而出现晚上咳嗽的症状。建议患者可以通过增加饮水量的方式进行缓解，在一定程度上也可以使用加湿器来改善症状。
2.饮食不当：如果患者睡前食用过多辛辣油腻性的食物，比如辣椒、炸鸡等，也会诱发上述情况。一般不需要特殊治疗，通过调整饮食结构的方法即可得到缓解。
二、病理性原因
1.上呼吸道感染：通常是指鼻腔、咽喉部发生的急性炎症反应，主要是由病毒感染所引起，发病后会出现打喷嚏、流鼻涕等症状，随着病情的发展还会伴有发热的情况。此时可以在医生指导下服用复方氨酚烷胺片、感冒灵颗粒等药物进行治疗。
2.支气管炎：通常是由于微生物感染或化学性刺激等因素造成的，发病以后会导致患者出现干咳无痰、喘息等症状，并且还会影响正常的睡眠质量。此时可以遵医嘱服用盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片等药物进行治疗。
3.肺炎：属于一种肺部组织的炎症性疾病，发病机制与细菌以及病毒有关，典型症状有胸痛、呼吸困难、咳嗽等。此时需要及时去医院进行检查并根据病因采取针对性措施。
除此之外，也有可能是慢性咽炎、胃食管反流等原因造成的，严重者应及时就医。
